《调香师》讲述青帝之子紫苏，为了复活哥哥青泽，与辛夷一起寻找哥哥灵魂碎片，经历了爱情和圆梦之旅的故事。 紫苏以香为媒，搜集青泽的灵魂碎片。
谢府的老爷谢明玉昏迷不醒，大夫束手无策。谢府接连有人死去，这一切都和谢府的夫人宇文蒹葭的嫁衣有关，原来当初蒹葭用芍药花染嫁衣却将花妖小韶封在了嫁衣里。宇文蒹葭找国师求助，他却把小韶封到盒子里，还让她去求助紫苏。而小韶曾经救过谢明玉，谢明玉把宇文蒹葭错认成小韶，醒来后的谢明玉要休妻。
宇文蒹葭之美宇文明珠被国师操纵破坏了紫苏救小韶的大事，为救小韶，蝶妖甘愿牺牲了自己。小韶从封印中解脱醒来后，伤心不已。小韶向紫苏求了一支忘忧香，让自己和谢明玉都忘记了这一切。一切皆因情而起，最后也因为情而终。
天界，食香兽花铃儿挣脱封印逃走，祝融追赶时不小心打翻炼丹炉，天火撒向人间造成天下大旱。
宇文明珠来向紫苏道谢，刚好碰到丞相府来求助的曲莲，她想让紫苏救救丞相府的莲花妖，原来莲花妖碧泽曾救过她的性命，紫苏怀疑莲花妖与青泽有关联，遂答应。
小韶留在紫苏身边，她发现紫苏的身体越来越虚弱，不惜以自己的精元来帮他恢复。
丞相府要铲掉莲花池，曲莲拼死保护，却被毒打扔进柴房。碧泽将辛夷误以为是青泽，原来他曾经被青泽救过。紫苏发现他体内有青泽碎片，想恢复其仙身拿回碎片，却被碧泽拒绝。丞相府中频频死人，凶手居然是碧泽。国师指使曲莲暗害紫苏不成，反而指认曲莲为妖，为保碧泽，曲莲承认。
丞相要烧死曲莲，为救她，碧泽同意与紫苏交易，事成之后，将灵魂碎片交与他。到火刑那日，紫苏召唤出碧泽主管风雨的能力，带来了久违的大雨。曲莲获救，碧泽骗她要重返天庭，实则是要魂飞魄散。
城里谣传夜晚在路口许愿就能成真。宇文明珠的朋友珍珍前来许愿却遇到袭击，宇文明珠和辛夷的目的都是流雪居，海棠夫人身子日渐虚弱，路遇算命师让其前去承香苑求助。在护院沉三的劝说下，海棠来到了承香苑。海棠从小能变出花瓣，操控幻境。紫苏高之她的身体中有一灵物，不过取不取不是他能决定的。
沉三用别人的性命为海棠续命，海棠一直在等的十一前来抓捕。海棠为了阻止十一，利用幻境。因为花铃儿动了手脚，海棠控制不了幻境，只能求助紫苏。在紫苏的帮助下，海棠进入幻境。
原来当年十一并没有把海棠卖进青楼，他为了海棠活命才让青楼老鸨“收养”她的。后来他又被拉进西决门过着刀口舔血的日子，当他打听到海棠消息的时候，她的身边有了沉三，十一只好默默地守护。而海棠却在苦苦地等着他，一等就是17年。
而沉三背叛西决门也是万不得已，他只想好好活下去。沉三为了救海棠才会害人。沉三为救海棠牺牲了自己的性命，而海棠因为伤心过度加上身体油尽灯枯而死去。
经过海棠一事让紫苏颇为感慨，他不懂爱是什么。当然被宇文明珠调侃为木头的辛夷也无解。只有爱上紫苏的小韶吐露心声：一定要让你在意的那个人过得比你好。
宇文明珠拿来昙花与小韶等待花开，却在回去的路上被花铃儿击伤，丢了生魂。明珠的父亲听信国师之言，上承香苑找麻烦，逼迫救回宇文明珠。与此同时，宇文明珠的生魂却遇见了霍展颜的鬼魂，帮她一起找人救其爱人阿四，可却无人能看见他们。
紫苏要用明珠牵挂之人的血制香，小韶提议用辛夷的。辛夷为明珠招魂，却把霍展颜的魂魄一同带回。阿四原本是霍家的一名家奴，他和霍家的二小姐霍展颜相爱了。霍展颜不想成为联姻的工具，想和阿四在一起。而霍家狠心将霍展颜投了湖。阿四为了给霍展颜报仇，偷了龙家下聘给霍展颜的聘礼而遭到追杀。
紫苏给了霍展颜三根香，每点燃一根就可让她跟常人无异，也能让凡人见她。三根燃尽，则魂飞魄散。霍展颜点燃香，说服阿四还他偷走的龙凤珊瑚。又点燃第二根见了自己父亲，从父亲嘴里得知阿四是对家派来的细作，伤心不已。阿四前去归还龙凤珊瑚，花铃儿出现抢人。
阿四被霍家杀手毒打却不还手，一心求死。为救阿四，霍展颜点燃了最后一根香，救下阿四后魂飞魄散。霍展颜和阿四还有一个孩子，因为霍展颜身体中的灵魂碎片让孩子以婴灵的形式存活下来。阿四将孩子送回霍家后投湖自尽。 而这时，周国中，频发闺中少女心头血尽毙命……
