化石神奇宝贝一般是出生在几亿年前的神奇宝贝，因为种种原因而导致灭绝，没有灭绝的神奇宝贝都发生了不同程度的变化。目前已知的，还保留有几亿年前样子的神奇宝贝，除去神兽/幻兽(阿尔宙斯、梦幻、雷吉奇卡斯等等)，只有古空棘鱼以及化石盔而已，其他的神奇宝贝虽然从化石中让其复生，但已经不是其原本的样子了。
通过化石(骨架、龟壳、血液、树根等等)中提取的基因，在加上现代的化石复活机器，就能让古代的化石神奇宝贝复活。然而实际上这种复活并不完整，和古代的样子并不是完全一样(化石盔除外，有极少的化石盔活到了现在，小智就曾经遇见过成群的野生化石盔)，并且因为在岩石中封存了太久，导致他们无一例外都附带上了岩石属性。这证明在化石中的封存已经改变了它们的基因。
目前从化石中孵化出来的神奇宝贝有菊石兽/化石盔/化石翼龙/触手百合/太古羽虫/头盖龙/遁甲龙/原盖海龟/始祖小鸟/宝宝暴龙/冰雪龙。其中除了头盖龙是单纯的岩石属性以外，其他的神奇宝贝全部都是岩石属性加一个其他的属性(在神奇宝贝第一世代中，岩石系的化石神奇宝贝甚至不能学会岩石系的招式)。此外盖诺赛克特也是从化石中诞生的神奇宝贝，但是其并没有岩石属性，或许是等离子队的复活方式更加高端。
在化石神奇宝贝中，最强的无疑是化石翼龙、始祖大鸟以及盖诺赛克特。盖诺赛克特被等离子团改造过，身上附加了高科技的光炮，导致其攻击力有所上升，达到了幻兽/准神(600种族值)的标准。即使如此，去掉这部分加成，盖诺赛克特依然是及其强大的神奇宝贝。
始祖大鸟本身的种族值就极高，达到了567，这一程度直接逼近准神的标准，超过其他大部分神奇宝贝，不过因为其性格(特性)过于弱小，导致其整体实力弱了不少。
关于化石翼龙，化石翼龙是唯一一只能够进行超级进化的化石神奇宝贝，在超级进化后，化石翼龙直接超越了准神了水准。种族值达到了615。有人说化石翼龙在超级进化后才是其原本的样子。超级进化使它的遗传基因重新复苏。
在古代可以说神仙大战，原始盖欧卡、原始固拉多整天打架，没点实力的神奇宝贝根本活不下去。而且有部分的神奇宝贝在学会原始力量之后，返祖进化为古代的样子(巨蔓藤、远古巨蜓、象牙猪)，以及原始回归，力量暴增的盖欧卡、固拉多，也说明古代的神奇宝贝力量远比现在来的强大。封印在化石中的化石神奇宝贝因为漫长的岁月，导致其实力发生了退化。始祖大鸟这种退化的比较少，而像是菊石兽这种退化的就比较厉害。或许只有像化石翼龙一样，通过超级进化将自己的基因复苏，才是其原本的实力。
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