有一群特殊的孤儿，他们没有名字，只有代号。后脑勺的编码就是他们的标识，他们从小就接受残酷的考验。组织为了培养出优秀的杀手，往往会给他们灌输弱肉强食的思想，其中最冷血无情的杀手，代号为四十七。杀手界称之为“幽灵先生”。
四十七每天的任务就是杀人，不问原因，不问对错。就算目标是奥特曼，也把他胸口的灯给你挖下来。四十七每到一处，都会仔细观察周围环境，在门口洒下感应珠，接着在房门上装好炸弹，最后在阳台绑上逃生的绳索。顶级的杀手无论成败，都要给自己留好退路。
他打开了电脑，进入组织的任务系统，查看着下一单的刺杀任务。这次的目标是乌拉国的总统，难度系数五颗星。四十七犹豫片刻，最终还是接受了任务。B也开始ERIEND TO THE W，制定行动计划。
到了第二天，总统在一片民众的欢呼中现身，就在这时，突然一声枪响，一名安保就倒地不起。还没等大家反应过来，第二颗子弹直接击中了总统。
四十七快速拆下武器放进箱子中，然后扔下一枚手雷潇洒离去。他做事从来不拖泥带水。可就当他准备收工回家之时，却接到了组织的短信。情报说现场发现了“直击证据”，让四十七赶快去清理目标。很快他就找到了目击者小美。可刚准备动手，小美转身却看了过来。
四十七从小美的眼里判断出，她根本就不认识自己。就当他非常疑惑的时候，身旁的路人突然被一枪击毙。抬头一看，竟然是组织里的另一名杀手。四十七反应迅速，立刻混入人群中逃离现场。
回到酒店以后，他马上与组织联系，可对方告诉他这次任务失败，目标只是擦伤并没有身亡。从未失手的四十七感到疑惑。自己明明已经结果的对方，根本就不会有生还的可能。他马上追问系统这次的雇主是谁，但系统选择性掉线，并没有回答他。就在此时，大批特警已经将酒店包围，举着爆破锤正在悄悄接近他的房间。千万别去招惹这个光头。因为他冷酷无情，武力爆表，手起刀落从不留活口。他没有名字，后脑勺只有编码。杀手界称呼他为“四十七”。
此刻他被大批的特警包围在酒店，但他早有准备。顶级杀手除了要有超高的杀人技外，还应该学会如何保全自己。四十七抓住绳索飞身跳到楼下，淡定地穿过走廊，从冰柜拿出事先放好的双枪，不慌不忙地左右开弓，轻松地解决了两名对手。接着他撬开电梯，触发急停按钮，顺着钢绳滑到电梯顶部，从容地打开顶盖，对准电梯里的对手就开始收割。一时间对手来不及反应，一个接一个地被四十七轻松消灭。解决掉对手后，他按下一楼，吸引警方注意，然后原路返回。在走廊中，警长大山恰好撞上了他，幸好有服务员经过，他借机逃脱。他换上西装，带着999朵玫瑰，来到目击者小美入住的酒店。轻松骗开门后，他制服了小美，将她带出酒店，扔进了后备箱。然后，他开车离开了。
在拷问下，小美说出了真相。原来，她是总统的临时女友。而总统的替身为了上位，雇佣了他去刺杀总统。成功后，他会出面澄清，并除掉知情人。
假总统借刀杀人，但却没想到惹到了最不好惹的人。
第二天，他带着小美来到车站，发现被人跟踪。他摆脱了小美，然后继续走，对手一路尾随。突然，他从站台一跃而下，对手跟着他进入了地下通道。他突然出现，用一只手挡住攻击，另一只手夺过枪，轻松制服了对手。当他逼问对方为何追杀自己时，黑影闪过。他解决了对手，然后跟着黑影走。他进入一节车厢，发现有三名杀手等候多时。四人僵持不下，开始互相攻击。这些人都是他的兄弟和发小，但为了各自的目的，不得不以命相搏。虽然他们要杀了对方，但也要有尊严地战斗。
最后，四人纷纷卸下子弹，扔掉手枪，拿出长刀。他们要开始一场生死搏斗。
杀手四十七决定和中情局合作，除掉乌拉国总统。他和小美来到餐厅，假装拿错香槟，实则偷龙转凤，将药水倒进对方酒杯中。
几分钟后，军火商腹痛难忍，前往洗手间。他也跟着进去，进行搜身，然后拿出枪和麻醉针。他控制住军火商，假装呼叫保安。
为了顺利刺杀总统，他决定和中情局合作。他和小美来到餐厅，假装拿错香槟，实则偷龙转凤，将药水倒进对方酒杯中。
几分钟后，军火商腹痛难忍，前往洗手间。他也跟着进去，进行搜身，然后拿出枪和麻醉针。他控制住军火商，假装呼叫保安。
为了顺利刺杀总统，他决定和中情局合作。他和小美来到餐厅，假装拿错香槟，实则偷龙转凤，将药水倒进对方酒杯中。
几分钟后，军火商腹痛难忍，前往洗手间。他也跟着进去，进行搜身，然后拿出枪和麻醉针。他控制住军火商，假装呼叫保安。
他控制住军火商，假装呼叫保安。接下来，他用几枪解决了这群人。随后，他假扮成总统弟弟的手下，带着钱来到他的别墅进行交易。不幸的是，这个生性多疑的敌人很快就发现了他的异常，但为时已晚。
四十七在爆炸前迅速组装好武器，用两把微冲疯狂扫射。敌人开始反击，他冷静地躲在柱子后面，然后开始反击。现在只有总统弟弟一个人了。他跪下求饶，请求放过自己，但一切都太晚了。被一枪爆头后，他饮恨西北。接着，他绑架了总统的心腹帝博格，并用铁丝将他绑在浴缸里，然后用高压电连接。为了确保刺杀的成功，他打算将帝博格绑在自己的船上。
另一方面，在特种部队的保护下，假总统进入教堂。帝博格眼看要被电死，为了自保，他只能下令手下向假总统开枪。虽然假总统面前有防弹玻璃，但第二颗子弹还是将他击碎。现场一片混乱，保安立即掩护假总统撤退。但还没走多远，一名特种兵调转枪头，对他们进行了一顿扫射。保安来不及反应，被打的措手不及，纷纷倒在地上。原来，他早就混入了队伍中，然后他把假总统带到一个房间，假总统面临大难，但还在威胁着他。四十七没有废话，一枪将他爆头。
军方发现假总统被杀，派出武装直升机进行疯狂的扫射。扫射停止后，他把枪放在桌子上，坐在王座上静静地等待。不久后，大批特警赶到并将他逮捕。当然，这一切并不容易。在押运的过程中，中情局前来进行例行检查，实际上是为了拖延时间，最终警长大山还是空手而归，只能孤独地站在冷风中。随后，高官收到了一条信息，说他们扯平了。
但故事还在继续。因为电影的最后，组织还在继续追杀小美。而四十七像守护天使一样，在远处默默地守护着她。
