宝可梦寄放系统（日文︰ポケモン預かりシステム，英文︰Pokémon Storage System）是可以储存和传送宝可梦的电脑系统，这个系统最早由正辉开发，迄今为止已经有九名开发者参与开发工作。
宝可梦寄放系统可以通过位在各个宝可梦中心的电脑登录。
版本
第一世代
日版中，一共有8个盒子，每个盒子可以储存30只宝可梦；美版中，一共有12个盒子，每个盒子可以储存20只宝可梦。
管理者是正辉。
如果某个盒子满了，玩家必须切换盒子，否则的话就无法捕获宝可梦。每次切换盒子之后都要进行保存。在系统里储存的宝可梦会以绰号表示。
第二世代
日版中，一共有8、9个盒子，每个盒子可以储存30只宝可梦；美版中，一共有14个盒子，每个盒子可以储存20只宝可梦。
管理者是正辉。
和第一世代一样，如果某个盒子满了，玩家必须切换盒子，否则的话就无法捕获宝可梦，正辉会通过宝可梦齿轮通知玩家盒子满了。另外添加了可以为盒子重命名的功能，以便整理。
第三世代
一共有14个盒子，每个盒子可以储存30只宝可梦。
管理者在《红宝石／蓝宝石／绿宝石》中是真由美，在《火红／叶绿》中是正辉和锦辉。
第三世代中是一个图形界面的储存系统，用小图标显示宝可梦，并且增添了壁纸系统。移动模式变为整理模式，整理模式下，采用光标可以精确选择、移动宝可梦或者交换宝可梦的位置（不能移动带有邮件的宝可梦），可以通过按下START键将光标移回盒子标题，或按下SELECT键切换光标为换位模式，换位光标只有移动宝可梦的作用。当盒子里的宝可梦满了的时候，新收服的宝可梦会被自动传送到下一个有空位的盒子里。自《火红／叶绿》起，可以将携带有道具的宝可梦直接储存在盒子里，并可以移动、给予和回收宝可梦的携带道具。
另外还有宝可梦整理箱 红宝石＆蓝宝石可以存放宝可梦，管理者是真由美的姐姐梓美。
第四世代
一共有18个盒子，每个盒子可以储存30只宝可梦。
管理者在《钻石／珍珠／白金》中是水木，在《心金／魂银》中是正辉。
新增道具整理模式，用于快速整理宝可梦的携带道具。切换光标的按键更改为Y键。
第五世代
在初期只有8个盒子，在每个盒子里都至少存有1只宝可梦之后，盒子数量会增加到16个，当所有16个盒子里都至少有1只宝可梦之后，盒子数量会增加到24个。这样可以节省保存时间。每个盒子可以储存30只宝可梦。
管理者是松露。
新增战斗盒子，可以储存6只宝可梦，进入对战设施或与玩家对战前可选择使用战斗盒子中的宝可梦队伍出战。切换光标的按键更改回SELECT键，并且自《黑２／白２》起，新增批量换位模式，按下两次SELECT键可切换光标为批量换位模式，此时光标前2次选取确定范围内所有宝可梦都被选择并且可以批量移动到第3次光标选定的位置。
第六世代
在初期只有7个盒子，在每个盒子里都至少存有1只宝可梦之后，盒子数量会增加到15个，当所有15个盒子里都至少有1只宝可梦之后，盒子数量会增加到23个，还可以继续通过这样的方式增加到30个。最后，完成特定剧情后还可以增加到31个。
另外还有宝可梦虚拟银行可以存放宝可梦，管理者是梓美。
界面右下角新增全局视图，可以简略浏览全部盒子存放情况，并可以交换盒子位置。按下START键不再可以将光标移回盒子标题，切换光标的按键增加START键。
在《Ｘ／Ｙ》中，当玩家完成闪焰队的剧情后会额外增加1个。管理者是酷罗凯尔。
在《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》中，当玩家完成EpisodeΔ的剧情后会增加到31个。管理者是真由美。
第七世代
盒子总数增加为32个，取消了单独的取出、存放宝可梦和道具管理选项，调查电脑后直接进入整合的盒子整理、道具整理和对战队伍登记。孵蛋数超过20个时，二周目在对战树还可以解锁评定功能，在盒子中查看宝可梦的个体值评价。
管理者是马睿因。
功能
壁纸
壁纸功能最早出现在第三世代，每个盒子都可以在默认的16种壁纸中切换。
在《绿宝石》中，向卡那兹市的绫乃说鼓励或者搞笑的话的话，她会送给玩家定制的背景。在《钻石／珍珠／白金》中，对祝庆市的祝庆电视台里的一个男人说出特定的话语之后，就可以解锁特殊的8枚壁纸。在《心金／魂银》中，向桔梗市宝可梦中心里的阿创说出特定的话语之后，就可以获得壁纸（或者蛋）。在《黑／白》中，看过演职人员表之后可以解锁4枚壁纸，击败四天王和冠军之后，可以解锁另外4枚壁纸。
标记
从第三世代开始，可以对盒子里的宝可梦进行标记。标记并不是必须要做的事情，只是为了方便玩家进行记录和整理。只有在打开系统的时候才可以进行标记，通过点亮或熄灭标记符号形成组合。在第三世代中，只有4种标记：●、■、▲和♥；自第四世代起，增加了两种标记，按顺序依次是：●、▲、■、♥、★和♦。在寄放系统和状态卡中都可以查看。
第六世代增加了一个标志“五边形”，这个标志代表宝可梦是卡洛斯地区或第六世代的丰缘地区出身。
第七世代增加了一个标志“十字花形”，这个标志代表宝可梦是阿罗拉地区出身。
第七世代还增加了一个任天堂Game Boy标志，这个标志代表宝可梦是在3DS的Virtual Console再发行的版本中传送而来的。这包括再发行的《红／绿／蓝》、《皮卡丘》、《金／银》和《水晶版》。
对战盒子
对战盒子是《黑／白》引进的功能。在对战盒子中放置的宝可梦才能参与一些对战活动。从《Ｘ／Ｙ》开始，与其它玩家之间的普通对战以及参与对战设施的对战也可以选择对战盒子中的宝可梦参与。
放生
将抓到的宝可梦放生。这个过程会不可逆地消除这只宝可梦的全部情报，将没有机会再次遇到它，用这个方法放生的仅有1只的传说的宝可梦也没有办法再次捕获。一般仅在过量孵蛋导致盒子装不下的情况下会使用此功能。
动画中
在动画中也存在有类似的系统，可以从各个宝可梦中心向宝可梦博士联系。和游戏中不同的是，它的开发者是秋叶原博士，另外宝可梦一般都是传送到地区博士处，而不是电子化储存。
漫画中
寄放系统转换机中的小拉达
精灵宝可梦特别篇
特别篇中宝可梦寄放系统的开发经历了一个由简单到复杂的曲折发展过程。早期的宝可梦寄放系统只有由正辉开发的宝可梦转换机，后来逐步得到发展完善。寄放系统在特别篇前三章的故事中均会发生故障或遭到破坏；在特别篇第三章，暂时无法使用的寄放系统甚至成了推动剧情发展的暗线之一。
红·绿·蓝篇
特别篇的寄放系统最早在VS大嘴雀出现于正辉的小屋，正辉在修理转换机的过程中，因为操作失误不慎与转换机中的一只小拉达合体，随后被小智所救。最初寄放系统尚不完善，捕获的宝可梦可能必须通过电脑才能存储，也时常出现训练家持有的宝可梦超过六个的情况。
VS魔墙人偶一话透露火箭队曾经控制了大木博士的寄放系统终端，偷走了小智和小茂的一些宝可梦（比如小智的伊布“阿布”）。
黄篇
在VS飞腿郎中，小蓝潜入了正辉的小屋搜集失踪的小智的线索。通过正辉的调查，两人发现阿布已从预备箱中被取出。但此时关都四天王希巴的飞腿郎突然对正辉的小屋发动袭击，寄放系统转换机也被损坏。
金·银·水晶篇
城都地区的寄放系统由于火箭队的暗中破坏，在超过一年的时间内都无法使用。因此正辉在VS海星星一话透露研制出了“携带式寄放系统”，存储宝可梦无需再经过宝可梦中心，只要将宝可梦齿轮连接在图鉴上即可使用。克丽丝塔儿捕获的很多宝可梦都被传送到了大木博士第2研究所并保存在精灵球中。
在最终决战XIII的决战中，正辉终于发现了寄放系统的问题所在，并借助雷公的能量让石英高原会场的寄放系统重新启动。在导播广尾和宝可梦发烧友俱乐部会长的号召下，关都和城都的民众纷纷将自己的宝可梦通过寄放系统传送到最终决战的场所桐树林，让被假面男控制的洛奇亚和凤王感受到宝可梦的心意，最终清醒过来，脱离了假面男的控制。
Ｘ·Ｙ篇
特别篇之后的章节中寄放系统的设定差异不大。在宝宝暴龙，粉碎中，正辉曾经通过电脑委托酷罗凯尔负责管理卡洛斯地区存储系统的“整体移动”与“战队箱”功能。
细节
锦辉开发的系统最早只能在七之岛使用，后来在正辉的协助下，可以与丰缘地区传送。
水木在系统开发过程中得到了正辉的帮助。
