《卧龙：苍天陨落》背景设定在三国时期，其发行公司光荣特库摩有很多耳熟能详的三国题材游戏，如《三国志》系列、《真三国无双》系列。《卧龙：苍天陨落》披着三国外衣，究竟讲了什么内容，今天就来捋一捋整部作品的剧情。吕布又是如何被洗白，竟和貂蝉不是情侣关系，让不少玩家直呼接受不了。
开头点明世间有一种仙道秘宝「丹药」，受到无数人的推崇。后续我们得知该丹药能强化人的力量，普通人会变为僵尸，英雄人物则会化身强大的魔化形态。整部作品，就是由「丹药」串联起一个个历史事件。
主角登场，反抗黄巾军时，救下一个蒙眼少年，自己却被黄巾军偷袭当场死亡。少年利用手中附有神兽之力的宝玉令主角复活，之后陪同主角踏上旅途。
前行路上打败张梁，张梁拿出一颗丹药服下，魔化后被主角击杀。紧接着突然出现一名黑衣道士，将三枚丹药注入蒙眼少年体内，使其与宝玉上的神兽应龙邪化，变成邪龙。而后道士骑着邪龙离开，主角被甩入水中。接下来的剧情都围绕主角调查丹药事件以及营救蒙眼少年展开。
主角从水中漂流至边陲，遇到赵云一起救下红晶，结识刘关张，击杀张宝。张角痛失张梁张宝两兄弟后，在黑衣道士的蛊惑下，也服下丹药，瞬间魔化，被赶到的主角击杀，黄巾起义时期结束。
击杀张角后，主角前往红晶故乡天柱山。之后经过主角团调查，民间大量的丹药存在的源头指向京师十常侍。在主角击败十常侍首领魔化张让后，张让逃往密室。
密室宝箱内竟存在大量丹药。此时董卓出场，杀死张让，夺走全部丹药。主角赶到为时已晚。
因怀疑董卓与丹药遗失有关，曹操和袁绍联盟，起兵讨伐董卓。曹操带领夏侯渊、夏侯惇出征，期间赵云第一次遇见刘备，孙坚、孙策战场表现不俗。
反董卓联盟高歌猛进，吕布向董卓提议携带丹药退往郿坞，自己一人留下防守助其撤退。
主角单挑吕布，击败吕布后触发剧情，小兵报告丹药已全部运往郿坞，吕布撤离。而此时红晶望着吕布的背影陷入了沉思。
时间来到一年之后，黑衣道士挟持大乔试图拉拢孙坚遭到拒绝，于是命令部下将魔化之箭射向孙坚。
魔化孙坚被击杀后失血过多而亡。紧接着孙策被黑衣道士暗杀，道士身份揭晓，乃是于吉。孙坚孙策相继离世，孙权被迫扛起大旗。
夏侯惇左眼惨遭暗箭偷袭，瞬间魔化，现出朱雀形态。暗算之人乃是受袁绍所指派。
被主角击败后，夏侯惇将左眼的箭拔了下来，自此成为独眼夏侯惇。
退往郿坞的董卓，夜夜笙歌，期间红晶向董卓献舞，竟自称是貂蝉，董卓也深陷美色当中。
调查丹药的主角一行到达郿坞，击败董卓后，董卓挟持貂蝉。此时吕布从董卓背后出现，杀死董卓救下貂蝉。
此时主角团才知道，红晶跟貂蝉本就是一个人，而吕布竟是貂蝉的亲哥哥，貂蝉靠近董卓是为了调查吕布离开自己，不与其相认的原因。
原来吕布跟随董卓，是为了接近于吉，百般努力终于引出于吉，吞下丹药获得力量准备击杀于吉。
吕布杀于吉不成，反遭毒手，瞬间魔化，化身赤兔形态，后被赶到的主角击杀。恢复意识后临终提醒主角注意袁绍这号人物。
主角击杀魔化颜良文丑后。刘备被袁绍魔化，现出青龙形态。刘备被击败后恢复正常。
袁绍为了力量自己选择魔化，现出玄武形态。最后被主角击杀。
主角历经千辛，见到于吉。丹药的秘密也就此揭开，炼制丹药需要利用人来当供品，而要练成长生不老及无上力量的仙丹，必须大量供品，因此于吉蛊惑众人挑起战争。同时炼制丹药还需要有龙之庇佑的容器，方可炼成。于吉被打败后，便与邪龙合体，后被主角击败，蒙眼少年至此回归。
主角将蒙眼少年护送回初始村庄，半夜惊醒发现其竟然不在身边，野外发现少年竟被于吉“夺舍”，迎来最终BOSS。主角击杀蒙眼少年后，应龙出现，救活被击杀的少年，并消灭于吉。
之后蒙眼少年在受龙之庇佑下，睁开了双眼，此时他脑中闪现无数未来会发生的三国事件，通过回忆片段（包括自己的死亡片段）以及少年手握羽扇我们知晓蒙眼少年就是诸葛亮，与该作名称《卧龙：苍天陨落》遥相呼应。
以上就是整部《卧龙：苍天陨落》的主线剧情，利用「丹药」推动三国事件的发展，有些玩家觉得魔改严重；而且其中吕布被洗白，和貂蝉是亲兄妹，很多玩家表示无法接受。
