Day 1 觉醒
公元1997年圣诞夜，繁华的纽约处处霓虹闪烁、一片热闹。此时的纽约大剧院即将上演一场高雅的歌剧。纽约市的女警官Aya身着华服和另一个英俊的年轻人一同走入了歌剧院，豪华的剧院内早已座无虚席，众人正悉心倾听着舞台上演员们动情的表演。此时,女主角梅丽莎放声歌唱起来,刹那间舞台上下的众人纷纷自燃起来,剧院变成了火的炼狱。唯独只有Aya不受丝毫影响，身为警官自然拔枪冲上舞台与Eve(梅丽莎)大战起来，被打败的Eve逃向后台，Aya紧随着一个虚无的小女孩来到了剧院的化妆后台。
干掉一只变身的老鼠后,两个房间的衣柜门都可以打开得到子弹，后两个门是锁住的,在走廊尽头的左侧房间里,调查那具烧焦的尸体可以得到化妆间钥匙,而那个电话就是存档用的。回到那两间锁住的房间里，右侧的房间里干掉一只变身鹦鹉，调查柜子可以得到药品；左侧的房间在镜子前发现女演员梅丽莎的日记并得到剧院排练房的钥匙。进入排练房内，Eve认定Aya同类的身份并试图说服她加入自己。打败变身的Eve，Aya的恍惚中看见一个白色的房间、病床上的小女孩和一个医生……清醒过来的Aya来到钢琴后，又一个大洞通往下水道。自然追了下去 ，一直来到下水道尽头，又是那个小女孩引领着Aya进入左面的门，这时用电话存档后，进入大铁门，Eve分解成一团黏糊的物体穿越了背后的铁栏杆，离开了下水道，留下一个从身体上分离出的怪物(先打尾巴，再攻击头部)。战胜它，Aya有些失落的回到早已经被警车重重包围的剧院外，被记者围住，幸好拍挡丹尼尔警官赶来，用警车载走了满脑子疑问的Aya:线粒体觉醒、解放、神秘小女孩……
Day 2 融合
丹尼尔调查了梅丽莎的资料：没有亲人、在歌剧院独居，身体不好，常常服用各种药品。在这个非常时刻，警察局长让Aya去警局地下武器库领取武器M16，这时警局召开新闻发布会，Aya难以抑制地道出了骇人听闻的真相，令局长大发光火，这时一位远从日本得到消息的生物学家正在赶往这里。
Aya和丹尼尔决定先去拜访在博物馆赫赫有名的克拉姆博士。克拉姆博士为他们解释了一些关于线立体的概念以及Eve的来历，但似乎又隐藏着什么，当两人深入追问时，被博士请出了博物馆。
两人无奈回到警局，因为傍晚Eve在中心公园的新年演唱会将如期举行，而市民都还不知Eve的本来面目，将会有大量市民涌向那里，警局召开紧急大会，丹尼尔得知自己的儿子和妻子“正是去了那里后，焦急万分地和Aya赶去。可当他们到达时，灼热的温度显示公园已经被Eve控制了，丹尼尔已经无法进入，只有Aya独自进去了。
剧院内，被Eve控制的人们渐渐融化，合成了一团细胞液体。Aya经过公园大小通道后(走入死胡同就退回来再走另一条路，在一排小屋里有钥匙)，终于在公园中心的露天舞台找到了Eve,一路追着Eve(这里需要返回到剧院外那条交叉路口，走左边有尸体的那条，调查尸体，然后会有个小女孩引小段路，非常快，跟不上，但可以记住她跑的方向)，直到在一辆马车旁碰到Eve结果被她邀请登上一辆马车，Eve试图说服Aya失败，结果两人在那辆燃烧的马车上大战一场，坠地昏迷了过去……
这时丹尼尔见到了因去卫生间而躲过劫难的儿子本；警察们正在全城疏散市民，恰好从日本来的生物学家前田抵达了这座恐怖的城市。
Aya从昏迷中醒来，原来自己被丹尼尔救了，带到一所小木屋里；前田也被带到这里。
前田向两人介绍了在日本几年前发生的类似事件，原来在日本的那个“最终生命体”因为和宿主的身体有排异反应而失败。听完前田的叙述，Aya忍不住坦白自己可能也会是Eve的同类，回忆与Eve接触时感到了姐姐玛娅和母亲玛瑞克的存在，心中充满惊疑和不安……
Day 3 淘汰
Aya终于勇敢地走出小屋，准备迎接挑战，和前田对话，丹尼尔驾警车赶来。先去左面的武器店选择武器，再去右面的药店得到药品(两个地方不去不行faint)，之后再和丹尼尔对话，就可以上车出发了。
因为前田在Aya昏迷时发现她身上有Eve残留下的粘物，所以众人前去博物馆准备使用仪器检测。结果显微镜下发现Eve的细胞果然已经完全被线立体完全控制；在Aya的要求下，也做了细胞鉴定，发现Aya的细胞中的线立体与细胞核共存，而且也非常强大，可以与Eve抗衡。这时博士出现想赶走众人，丹尼尔在办公桌上发现了一张有着自己妻子、儿子的实验名单，愤怒地质问克拉姆，他却抵死不答，众人无奈只好返回警署。
一到警署，众人大惊失色，Eve已经袭击了警署，本和警犬希夫逃到了楼顶，Aya赶了过去，干掉变身成怪物的警犬，救了本和保护本受伤的局长。
Day 4 受胎
丹尼尔代替受伤的局长指挥大局，Aya在警局三楼的实验室实里找到了前田，他认为Eve一定会立即受精诞生出最终生命体，大家决定立即赶往圣弗朗西斯医院的精子库。在医院里Aya见到了姐姐玛娅的虚幻体，一路追过去，却被Eve锁住大门，切断了电线。***这时在剩下的几个房间里面寻找能够接通电路的保险丝，并且在那个有电话存档的房间里得到停尸房的钥匙，进入停尸房得到蓝色钥匙和保险丝，打开那扇蓝色的门，进去接上保险丝(3次才能连同电梯全部启动)，合上开关，电力恢复了，坐电梯回到大厅，从上面的门进去，救出一个医生和护士，结果发现这里正是在常常幻想中的那个病房，得到绿卡，去装有液氧的仓库，转动开关，然后再从刚才被救的医生口中得知13层有个研究室。
乘电梯来到13楼，进入一个房间，在有个红色箭头标记的墙角处，推动一个箱子，可以看到个按纽，打开室内的另一门，进去后在资料室里，Aya发现了在克拉姆博士那里一模一样的一份名单，还有两分残缺的报告：原来在1977年12月23日发生了一起交通事故，Aya的妈妈和姐姐被送到医院，母亲死亡了，姐姐处在休克中……另外一份报告中：演员梅丽莎也在同一天进入医院做了移植手术……
得到新电梯的钥匙，进去升到顶楼。
于此同时，海岸边几艘护卫舰和一艘航母已经靠近了城市，舰载战机编队升空飞入城市，原来舰长已经奉命派空军锁定中心公园的怪物，随时准备发起攻击。
来到楼顶的Aya见到了Eve，她正在释放巨大的能量毁灭了在城市上空的战斗机，其中一架燃烧的战机向医院楼顶俯冲而来，Aya无奈从楼顶一侧跃下落到维护架上，回到地面；而Eve已经带着需要的精子成功逃走了。
丹尼尔将前田和Aya带回警局，华纳警官调查到梅丽莎和克拉姆博士有着频繁的接触,众人觉得Eve一定正在找一个安全的地方受胎，决定分头去寻找Eve的踪影。
Day 5 解放
作者注：（这里我做了次似乎毫无用处的调查）我首先来到港口码头，有警察报告发现可疑情况，进入地下库房，却只有一个老是喷出热气的管子，就没别的什么了。{因为似乎发现不了任何情节，所以觉得是白来这里一趟。希望其他玩家知道这里设计出来的用途告诉大家}
来到唐人街，一直往里走(可以先在街旁的电话亭存档)，见到前田在一口地下水道井盖处发现了Eve留下的踪迹。Aya当然下去了，***下去后向左经过2个十字路口，在第3个十字路口往南(面朝你)走到底，会到一个巨大的通道，登上天桥往里走，终于在机房内见到了那个公园里的巨大生物体，打开开关(2号泵)把怪物从水泵中赶出来，然后在关掉开关(不关则无法通过积满水的下水道)，这时千万别回原路了，在机房左上角有个铁门通向北边的，进去跃过无水的水渠，来到了地铁车站。从两旁的地铁铁路往上方一直走可以来到一座桥上，从一位警官的尸体上得到地铁出口的钥匙，发现怪物朝着市中的博物馆移动。
得到钥匙后，通过铁路回到刚才的站台后，继续往南走可以进入一扇通往地面的门。直扑博物馆，进入馆内，发现西北方有个人影一闪而逝，追进那个房间竟然遇到了恐龙的袭击，一路追下去发现最后一扇门被人反锁了。无奈只好返回去，***从另一条路走(经过一些布置得象丛林的房间有些回答问题的机器，答对了补充子弹)；上二楼，在靠近一楼大厅的房间进去后，门被反锁住，不过可以从窗户爬出去；反正在整个2、3楼里闯好了，但是最终一定要找到靠近整个博物馆中心的(似乎是2楼)铺着红地毯的大客厅，厅内靠北(背向窗户)一侧有个控制室，进去关掉报警器(电梯可以使用了)，这时随着Eve的歌声，博物馆内的恐龙全部复活了，包括那只巨大无比的霸王龙cool。
***我在博物馆内瞎逛半天后，发现应该乘电梯到三楼后，从电梯外对应的楼梯走下2楼，见到一个房间的门半打开，Aya以为是克拉姆博士在里面，没想到是前田在里面正在检查玛娅的血清标本，而丹尼尔去医院查资料了。通过玛娅的血清终于知道了博士的阴谋：博士为了Eve不像日本的那次般重蹈覆辙，培养了一种无线立体的纯精子供Eve使用。这时博士也闯了进来，承认了这一切，盛赞Eve的进化之完美并企图用手术刀杀死Aya，丹尼尔刚好赶到制服了博士，可是为了不让Aya阻止Eve，克拉姆疯狂地引爆了自己，幸好大伙逃脱及时,Aya从克拉姆的尸体上得到了博物馆的钥匙。***现在如果再坐电梯到顶楼(4楼)可以见到一个被粘满液体的房门，可是你进不去，但是这时从旁边的楼梯走下去，然后朝着那个房间的位置绕过去，会碰到用克拉姆钥匙打开的房间，进去后，一条突然复活的恐龙将Aya撞到一楼的空地上，干掉它，然后那条霸王龙从上面扑下来，再干掉；然后回到刚才用钥匙打开的房间往里走……然后大地震动,Aya则沿着一条布满粘液的楼梯，终于在一个巨大的满是粘液的大厅里见到了大腹便便的Eve，她已经完成受胎了。
整个城市在震动，无数粘粘的物体从下水管道中撞出地面融合成一个巨大的怪物，它直接来到了博物馆伸手带走了丝毫不能动弹的Eve。
Aya失落地走出博物馆，丹尼尔载着她和前田，一路上讲述了梅丽莎的遭遇，Eve的产生最早便起源于那位日本的科学家为了复活妻子，用了妻子的细胞进行培养(也就是现在最新的克隆人计划)，结果依赖于细胞的线立体却脱离于人体细胞，并控制细胞，从而控制了人。众人默然无语……
这时接到总统攻击的命令，航母上的战机、直升机编队迅速起飞直扑市中心的巨大怪物。众人站在远处焦急地看着惨剧发生。所有的军队全部在靠近怪物——Eve的守护神后，驾驶员和战机被高温引燃爆炸……
指挥官将Aya等人接到航母上，希望Aya能够用她特殊的能力带领战斗小队去轰掉Eve。Aya勇敢地登上了直升机编队，在队友一个个爆炸后，Aya靠近了Eve,并将特制的炸弹成功地轰掉了守护神，巨大的守护神同自由女神一起四分五裂地散落在地上，当众人在航母上欢呼时，对讲机内却传来Aya的声音：“不，一切还没有结束。”然后跳伞跃离了直升机，Eve则从黏液中站了起来。一番大战后，美丽的Eve渐渐溶解，Aya脑海里全都是Eve对人类的蔑视和鄙夷的眼神……
Day 6 进化
正当Aya在战舰上休息的时候(休息室里面一定要存档，士兵处可以得到补给)，海面的另几艘战舰突然爆炸起来，刚才的废墟中传出婴儿哭喊的声音，终于最终生命体诞生了。
Aya再一次勇敢地留下来面对它，丹尼尔和前田只好坐上了直升机逃生。
Eve会从婴儿到成体变4次身，前3次用什么枪都行，第4次变身成一个绿色的怪物后，用前田的手枪开4或5枪(好象是这样的)，在直升机上的丹尼尔从空中坠下，并将刚才前田没来得及拿出的带有Aya血清的子弹扔给Aya，火人般坠入海中，再次开6枪就可以打败Eve。可是Eve却再次变身，而这次Aya只能逃，一碰Eve就死，(本人就因此死了2次，逃跑因为进了死胡同、开门慢了被追上死了3次，想一下，每次读档都得和4次变身重新再打一次就知道有多痛苦，而且还幸好存了档的)这时就从铁门进入休息室(别妄想存档，电话已经坏了，我就在这里存档被咬死了cry)，看完船体示意图，然后再进原来士兵把守的铁门，进去的第1个十字路口往左转(右边是死路)，爬下楼梯，这时来到了战舰的控制室，暂时Eve是不会下来了，去控制台打开自动毁灭开关，然后从另一个楼梯爬上去，这时起没有叉路，但千万别耽误时间(跑步别转弯，进门要一次成功别老撞在墙上)终于，Aya在爆炸的瞬间跃入了海中，而Eve留在了火的炼狱中……
故事终于到了圆满的时候，一切恢复了平静，在前田准备返回日本前一天，Aya、丹尼尔、前田和本再一次来到歌剧院欣赏那场没能结束的歌剧演出，这时在新的女主角Eva的歌声中，所有的人身体内的线立体再一次被唤醒……
